La Communauté de communes de Puisaye-Forterre porte l’animation du site Natura 2000 des « Milieux humides et habitats à chauves-souris de Puisaye-Forterre ». Celui-ci est constitué de 15 entités réparties sur plusieurs communes du territoire pour une surface totale de 2 350 ha.
L’animation du site Natura 2000 est subventionnée à hauteur de 100 % par des crédits de l’État (ministère en charge de l’écologie) et du Feader (Union européenne. Retrouvez toutes les informations et les actualités du programme Natura 2000 sur le site dédié puisaye.n2000.fr
La Communauté de communes possède également sur son territoire une partie d’un autre site Natura 2000. Toutefois, celui-ci est porté par la Communauté de communes Avallon-Vézelay-Morvan.
