La Communauté de communes, sur le plan politique, fonctionne comme les communes. Elle est dotée d’une assemblée délibérative, le conseil communautaire, au sein duquel siègent, sur le territoire de Puisaye Forterre, 79 délégués communautaires titulaires issus des conseils municipaux.

Dans les communes de plus de 1000 habitants, les électeurs élisent au suffrage universel leurs conseillers communautaires dans le cadre des élections municipales. Dans les communes de moins de 1000 habitants, le maire, les adjoints puis les conseillers municipaux, dans l’ordre d’élection, sont désignés conseillers communautaires. Le nombre de conseillers par commune est fixé, en tenant compte de la population, par arrêté inter-préfectoral.

Le bureau communautaire de la Communauté de communes de Puisaye Forterre réunit le Président et les 11 Vice-Président(e)s. Il centralise le travail des commissions, définit les grands axes d’action de la Communauté de communes.

Les commissions thématiques sont composées de conseillers communautaires et sont présidées par les vice-présidents en charge des thématiques. Les commissions débattent des projets et des orientations. Elles sont force de proposition. La Communauté de communes de Puisaye Forterre compte 14 commissions.